Основными задачами ГКО были развертывание вооруженных сил, подготовка резервов, обеспечение их вооружением, снаряжением и продовольствием.
Кроме того, ГКО руководил мобилизацией советской экономики, организацией военного хозяйства, принимал меры к увеличению производства танков, самолетов, боеприпасов, сырья, топлива, продовольствия и прочего. ГКО непосредственно руководил мероприятиями по обороне Москвы и Ленинграда.
За время войны ГКО принял почти 10 тыс. постановлений и распоряжений, причем около 2/3 из них так или иначе касались вопросов экономики и военного производства.
После того как в 1943 году началось массовое изгнание войск противника с советской территории, ГКО все больше внимания уделял восстановлению разрушенного оккупантами хозяйства освобожденных районов.